Η έννοια της διακυβέρνησης στο επίπεδο της σχολικής μονάδας σχετίζεται με την αλληλεπίδραση μεταξύ παραγόντων της εκπαίδευσης και της σχολικής μονάδας. για τη διαμόρφωση και εφαρμογή της εκπαιδευτικής μικροπολιτικής του σχολείου. Η σχολική διακυβέρνηση – στο πλαίσιο μάλιστα του ψηφιακού μετασχηματισμού της εκπαίδευσης –  ανατρέπει τις παραδοσιακές αυστηρές γραμμικές ιεραρχικές δομές εξουσίας και συνδέεται με την οριζόντια αλληλεπίδραση δικτύων και πολλαπλών φορέων επιρροής. Το σχολείο στη λογική αυτή μπορεί να χαράξει τη δική του στρατηγική, κινητοποιώντας και δεσμεύοντας παράγοντες εντός και εκτός σχολικής μονάδας προς την επίτευξη του στρατηγικού του σχεδιασμού, σύμφωνα με τις ιδιαίτερες ανάγκες των μαθητών και του κοινωνικού του περιβάλλοντος. Προκειμένου το σχολείο να αναλάβει τον νέο αυτό ρόλο, είναι αναγκαία η εμπέδωση αυξημένων βαθμών αυτονομίας της σχολικής μονάδας, με ενίσχυση του βαθμού ελευθερίας των εκπαιδευτικών και ανάπτυξη καινοτομιών και σχεδίων δράσης με βάση τις ιδιαιτερότητες της σχολικής μονάδας. Η αυτονομία του σχολείου δημιουργεί συνθήκες ελευθερίας αλλά και ευθύνης της κοινότητας και συνδέεται με ένα δυναμικό σχολείο, που επικοινωνεί το όραμά του και διεκδικεί εμπιστοσύνη προς το έργο του.